STPK Matauli dipimpin oleh seorang Ketua dan dibantu oleh 2 orang Wakil Ketua, yakni Wakil Ketuabidang Akademis (selanjutnyadisebut Wakil Ketua I) dan Wakil Ketua bidang Non-akademis (seterusnya disebut dengan Wakil Ketua II).
Unit yang di bawah Wakil Ketua I terdiri dari Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (PPPM), Pusat Penjaminan Mutu (PPM) dan 4 unit pelayananteknis (UPT) UPT Pustaka, UPT Laboratorium dan UPT Pembinaan Karakter. Wakil Ketua 1 juga membawahi Bagian Akademik, dimana di bawahnya terdiri dari Sub- Bagian Akademik, Sub-Bagian Kemahasiswaan, dan Sub-Bagian Alumni.
Unit di bawah Wakil Ketua II adalah yang mengkoordinasikan UPT Teknologi Informasi, SatuanPengawas Internal (SPI), dan Bagian Non-Akademik yang dibawahnya terdiridari Sub-Bagian Keuangan, Sub-Bagian Sumber Daya Manusia (SDM), Sub-Bagian Tata Usaha, serta Sub-Bagian Hubungan Masyarakat (Humas) dan Promosi.
Unit yang ada pada STPK Matauli juga termasuk 3 Program Studi (Prodi), yaitu Prodi Teknologi Penangkapan Ikan (TPI), Prodi Akuakultur (AKU), dan Prodi Sosial Ekonomi Perikanan (SEP). Ketiga Prodi tersebut merupakan cabang ilmu yang saat ini di bawah prioritas pemerintah dan termasuk dalam skema STEM (Science, Technology, Engineering and Maths) untuk di izinkan dibuka dalam rangka percepatan penyediaan tenaga terampil guna mendukung strategi program pembangunan nasional
