STPK Matauli dipimpin oleh seorang Ketua dan dibantu oleh Wakil Ketua yang bertugas mendukung jalannya kegiatan operasional kampus, baik pada aspek akademik maupun non-akademik. Struktur organisasi STPK Matauli terdiri atas beberapa unit pelaksana yang berfungsi menunjang penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi.
Unit-unit tersebut meliputi:
Jurusan Perikanan
Sebagai unit koordinatif yang membawahi seluruh kegiatan akademik pada program studi dan laboratorium di bidang perikanan dan kelautan.Program Studi dan Laboratorium
Terdiri dari tiga Program Studi:Teknologi Penangkapan Ikan (TPI)
Akuakultur (AKU)
Sosial Ekonomi Perikanan (SEP)
serta laboratorium pendukung proses pembelajaran dan praktik keilmuan.
Pusat Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (PPPM)
Dengan divisi:Penelitian
Pengabdian kepada Masyarakat
Publikasi Ilmiah dan Jurnal
KKN dan Magang
Pusat Penjaminan Mutu (PPM)
Membawahi:Divisi Satuan Penjaminan Mutu Internal (SPMI)
Divisi Audit Mutu Internal (AMI)
Divisi Sistem Pengendalian Internal (SPI)
Koordinator Unit Pelaksana Teknis (UPT)
Meliputi:UPT Perpustakaan
UPT Podcast dan Penyiaran
UPT Kemahasiswaan, Kewirausahaan dan Bimbingan Konseling
UPT UMKM dan PKM
UPT Pelatihan, Training dan UMKM
UPT Teknologi Informasi, Networking, SIAKAD dan Layanan Komputer
UPT Pendataan, BKD, SAPTO, dan SIPATEN
Bagian Administrasi Umum dan Keuangan
Membawahi beberapa sub-bagian:Subbag Akademik dan Beasiswa
Subbag Kepegawaian, SDM dan Ketatausahaan
Subbag Hubungan Kemasyarakatan, Promosi, dan Penerimaan Mahasiswa Baru (PMB)
Subbag Perlengkapan, Inventarisasi, Aset, Pengadaan dan Perawatan Kampus
Subbag Bendahara dan Juru Bayar
Ketiga Program Studi (TPI, AKU, dan SEP) beserta laboratorium merupakan pusat kegiatan akademik STPK Matauli yang saat ini berada di bawah koordinasi Ketua Jurusan Perikanan. Program studi tersebut juga termasuk prioritas nasional dalam skema STEM (Science, Technology, Engineering, and Mathematics) sebagai upaya percepatan penyediaan tenaga terampil yang mendukung strategi pembangunan nasional di sektor kelautan dan perikanan.
